在EE申请中，配偶是永久居民的情况下，如果两人之前仅为室友且没有确认关系，那么在填写签证、报税和PR申请时应按照单身状态填写是正确的。然而，如果后来两人在一起了，另一方也想要加入EE池，官员在审查申请材料时可能会注意到两人在一段时间内的地址重合。这可能引起官员对第一申请人的申请和第二申请人当前的申请是否存在虚假陈述的怀疑。因此，为了避免存在任何误解和问题，最好在申请中说明情况，并提供相关的证明，例如室友合同、租房合同、账单或其他能证明两人在之前仅为室友关系的文件。这有助于说明两人之间的关系转变并且证明申请人的申请是真实并且诚实的。
请注意，以上回答只是给出一般建议，具体应根据个人案例和情况来决定如何处理申请。如果有任何疑虑，最好咨询专业移民律师或咨询机构，以确保您的申请是合法和准确的。